.:نظم و برنامه ریزی در کارها،از دیگر ویژگی های ایشان:.

یکی از شاگردان آقا می نویسد:
« حضرت آقا در کارشان دقیق و منظم هستند به عنوان مثال حتی برنامه ریزی کرده اند که از در منزل تا مسجد مشغول فلان ذکر، و بعد از آن ذکر خاصی را بگویند، تا وقت ایشان ضایع نگردد، و نوافل یومیه را نیز به همین منوال برنامه ریزی نموده اند. »
یکی از فضلای قم می نگارد:
« روزی نزدیک غروب چند دقیقه ای سر کوچه منزل آیت الله بهجت (مدظله) ایستادم تا همراه ایشان به مسجد بروم، ولی چون هوا مقداری تاریک شده بود با خودم گفتم ممکن است ایشان از منزل خارج شده و به مسجد تشریف برده باشند.
لذا به طرف مسجد حرکت کردم ولی دیدم هنوز ایشان تشریف نیاورده اند. از یکی از دوستان که همراه من بود خداحافظی کردم و قصدم این بود که بر گردم واز فرصت استفاده نموده و در فاصله حرکت معظّم له تا مسجد پرسشی مطرح کنم.
در فاصله زمانی که از مسجد می آمدم سعی کردم پرسشی را در نظر بگیرم چون سؤال خاصی را از پیش در نظر نداشتم.
حقیقت این بود که مقصودم از این مزاحمتها و طرح سؤالها بیشتر این بود که بهانه ای برای سخن گفتن و به حرف آمدن بزرگانی مثل ایشان فراهم کنم، چرا که معتقدم نَفَس گرم و مسیحایی این بندگان خوب خدا در نفوس ما اثر می کند، و در فرمایشاتشان یک کلمه و یک نکته ظریف مطرح می شود که به انسان نهیب می زند و فرد را از غفلت خارج می کند.
خلاصه این سؤال را در نظر آوردم: اینکه در قرآن کریم آمده است که خداوند « مبدل السیئات بالحسنات: تبدیل کننده بدیها به خوبیها » است به چه معناست؟ چگونه ممکن است سیئه به حسنه تبدیل شود؟ وقتی ایشان نزدیک شدند، سلام کردم و سپس عرض کردم: حاج آقا سؤالی داشتم اگر اجازه هست مطرح کنم؟ ایشان بلافاصله دستشان را به حالت نفی تکان دادند و با لحن تندی فرمودند:
« ابداً! هیچ! نه وقتش را دارم و نه حالش را! وقت گذشته است نماز دیر شده و منتظرند! شما هم متوجه باشید که سؤالاتتان از این جور سؤالات نباشد. سپس نگاهی سر تعظیم به سوی حرم حضرت معصومه علیها السلام فرو آورده و سلامی کرده و داخل مسجد شدند!
حقیقت این بود که من حسابی به اصطلاح جا خوردم و در برابر این برخورد معظم له واقعا" دست و پایم لرزید. لذا یکی دو قدم عقب کشیدم و به دنبال ایشان وارد مسجد شدم. در نماز هم حواسم پرت بود و تماماً راجع به این جریان و علت آن و منظور معظم له فکر می کردم. بعد از نماز هم در همین زمینه فکر می کردم.
در مجموع از این برخورد فهمیدم همانطور که خداوند قهر و رحمتش هر دو به نفع بندگان است، به نظر خودم یک احتمال این بود که ایشان می خواستند بفهمانند که انسان قبل از نماز باید خود را مهیای اقامه آن کند، ذکری بگوید، توجهی پیدا کند، و آمادگی روحی و نفسانی برای نماز و سخن گفتن با خدا پیدا کند، خود ایشان نیز در حین آمدن به مسجد مشغول ذکر بودند و بدین وسیله برای نماز مهیا می شدند.
احتمال دیگر این بود که چون دیدند من از روبروی ایشان می آیم و به محض دیدن ایشان جلو رفتم سؤال را مطرح کردم، خواستند بفهمانند که این کار درستی نیست. البته من از مسجد بر گشته بودم و می خواستم از فرصت استفاده کرده، و در بین راه از ایشان بهره ای بر گیرم.
احتمال سوم این بود که ایشان از سؤال جور کردن فوری من و آنچه در ضمیر من گذشته بود ـ که در واقع سؤال کردن من چیزی جز بهانه به حرف کشیدن ایشان نبودـ خبردار بودند و با این برخورد از ما فی الضمیر من خبر دادند. و البته جای تعجب ندارد چرا که خود ایشان به دوستان ما گفته بودند که در گذشته هر طلبه ای در نجف اشرف که «طی الارض» نداشت بین طلاب دیگر انگشت نما بود. یعنی این گونه امور خارق العاده بایستی برای طلبه و علما، عادی و طبیعی باشد. »